El Hospital Clínico del Sur cuenta con tres tipos de habitaciones para la hospitalización de sus pacientes médico-quirúrgicos:

- Habitaciones compartidas con baño.

- Habitaciones individuales con baño.

- Habitaciones individuales con baño y ducha.

Todas las habitaciones cuentan con cama con ajuste autorregulable; calefacción; teléfono; televisión por cable; caja de seguridad.

Además las habitaciones individuales cuentan con berger para la comodidad de las visitas.